Algorithmes pour la prédiction de gènes orthologues

Séminaire
  • Quand ? 12/10/2017 à partir de 15:00 (America/Montreal / UTC-400)
  • Où ? Au local D4-2011 de la Faculté des sciences
  • Participants Manuel Lafond, candidat au poste de professeur au Département d’informatique
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RÉSUMÉ : Dans cette présentation, nous aborderons le thème de la prédiction de gènes appelés orthologues. Ces gènes sont d’un intérêt particulier en biologie étant donné qu’ils partagent des fonctionnalités similaires au sein des organismes. L’inférence d’orthologues est donc un sujet actif en bioinformatique et présente des défis informatiques stimulants, autant d’un point de vue théorique que pratique. Je mettrai l’emphase sur les aspects algorithmiques de ces problématiques, en montrant comment des outils de calcul parallèle et distribué, d’algorithmes d’approximation et de complexité paramétrée peuvent être très utiles.

Du point de vue biologique, l’orthologie est une relation évolutive entre les paires de gènes. À travers leur histoire, les gènes peuvent subir deux types d’événements : la spéciation et la duplication. Deux gènes sont appelés orthologues s’ils descendent d’un gène ancestral commun ayant subi une spéciation, et sont appelés paralogues dans le cas d’une duplication. Une hypothèse largement utilisée en biologie évolutive veut que les gènes orthologues effectuent des fonctions similaires, alors que les paralogues divergent. L’inférence de gènes orthologues est donc fondamentale afin de déterminer le rôle d’un gène au sein d’un organisme. On peut représenter les relations d’orthologie par un graphe : les nœuds sont les gènes, et les arêtes représentent l’orthologie. Il a récemment été démontré que les graphes d’orthologie dits « biologiquement valides » correspondent exactement à ce qu’on appelle la classe des cographes. Je discuterai des implications algorithmiques de cette caractérisation, ainsi que des opportunités qu’elle offre pour le développement de nouvelles méthodes d’inférence d’orthologues.

Toutes les personnes intéressées sont cordialement invitées.